Rozdział ten odnosi się tylko do systemów Windows 9x lub NT. W przypadku użytkowania Windows 3.1, należy ręcznie zainstalować emTeX (z podkatalogu systems katalogu głównego CD-ROM).
Konieczne jest także sprawdzenie, czy Windows potrafi, przy czytaniu CD-ROM-ów, korzystać z rozszerzeń Microsoft Joliet. W aplikacji Explorer (Eksplorator) wystarczy sprawdzić, czy wyświetlana lista plików CD-ROM-u posiada długie nazwy, zapisane za pomocą małych i wielkich liter. Jeżeli tak nie jest, nie można używać systemu uruchamialnego z CD-ROM-u.
Zawarty tu system Win32 TeX zawiera przeglądarkę plików dvi, Windvi, która w użyciu podobna jest do Unixowego xdvi. Dokumentacja znajduje się w texmf/doc/html/windvi/windvi.html.
Wszystkie programy TeX-owe można uruchamiać bezpośrednio z CD-ROM-u, mając natychmiastowy dostęp do wszystkich makr i fontów. Ceną jest tu wolniejsza praca niż w wypadku instalacji na twardym dysku. Do efektywnej pracy wymagana jest modyfikacja zmiennych środowiska systemu i utworzenie niewielkich, pomocniczych katalogów na dysku twardym. Katalogi te będą zawierały niezbędne pliki konfiguracyjne, pozwalające użytkownikowi na modyfikację ustawień programów i samodzielne generowanie potrzebnego pliku formatu. Ponadto, w pomocniczym katalogu będą deponowane automatycznie generowane fonty. Wymienione kroki przygotowawcze wykonuje program TeXSetup.exe uruchamiany z katalogu setupw32/ CD-ROM-u. Po uruchomieniu programu i wyborze katalogu pomocniczego należy wybrać opcję Run CD. Na zakończenie wymagany jest restart systemu. Można teraz uruchamiać programy z linii poleceń lub użyć edytora, w którym programy są uruchamiane za pomocą wygodnych menu.
Instalację rozpoczyna się od uruchomienia w katalogu setupw32 programu TeXSetup.exe, który przeszukuje listę zestawów i pakietów znajdującą się na CD-ROM-ie. Program TeXSetup.exe pozwala na wybranie poziomu instalacji dla każdego z zestawów (opis zestawów i pakietów znajduje się w rozdziale 2.1), oraz pominięcie instalowania dokumentacji i/lub źródeł pakietów w wypadku posiadania ograniczonej przestrzeni dyskowej. Podczas instalacji program pyta, w których katalogach umieścić główną dystrybucję i lokalną konfigurację. Dodatkowo można zainstalować edytor TeX-owy, oraz PostScriptową przeglądarkę Ghostscript.
Należy być świadomym, że wybór rozmiaru klastra (cluster) na dysku DOS-owym może mieć radykalny wpływ na rozmiar instalacji TeX-a. Drzewo z plikami TeX-owymi zawiera setki małych plików i często zdarza się, że kompletna instalacja zajmuje do czterech razy więcej miejsca niż objętość samego CD-ROM-u.
Po zakończeniu instalacji należy ponownie uruchomić Windows, i można już uruchamiać programy TeX-owe zarówno z linii poleceń, jak i z poziomu menu zainstalowanego edytora.
Po pierwszej instalacji (dowolnego poziomu) istnieje możliwość doinstalowania pojedynczych pakietów. Z menu systemowego: Start -> Programy -> TeX Live -> Maintenance należy wybrać -> Add TeX Package, co uruchomi program TeXSetup z odpowiednimi parametrami.
Uruchomienie TeXSetup --help wyświetli dostępne opcje programu. Szczegółowe informacje na temat konfiguracji oprogramowania w systemach Windows można znaleźć w /texmf/doc/html/fptex/fptex.html.